| Holubyho pamätná medaila |
Udeľuje sa za významné prínosy v oblasti botanických vied. Štatút Ceny v PDF formáte. | Držitelia ocenenia  |
|
| Čestný člen | Spoločnosti sa môže stať vedecký alebo odborný pracovník, ktorý sa mimoriadne zaslúžil o rozvoj botaniky alebo Spoločnosti | Držitelia ocenenia |
|
| Zaslúžilý člen | Spoločnosti sa môže stať člen, ktorý sa zaslúžil o jej rozvoj alebo o rozvoj botaniky | Držitelia ocenenia |
|
| Cena Pavla Sillingera | Udeľuje sa mladým botanikom (do 30 rokov) za najlepšiu pôvodnú vedeckú či odbornú prácu, publikovanú vo vedeckom alebo odbornom časopise. Štatút Ceny v PDF formáte. | Držitelia ocenenia |
|
| Cena Jána Futáka | Udeľuje sa študentom za najlepšiu diplomovú prácu. Návrh na Cenu vo formáte Word. Štatút Ceny v PDF formáte. |
| Čestné uznanie za dlhoročnú prácu pri ochrane prírody |
PDF |